Андижон шаҳрида футбол 1912 йилда ташкил этилган. Ўша йиллар мобайнида Туркистон чемпионат мусобақалари ўтказилмасди. Шунинг учун шаҳарлараро чемпионат мунтазам равишда ўтказилиб келган.

Жамоанинг дастлабки расмий учрашуви 1912 йил “Скоболев” (ҳозирги “Нефтчи”) жамоасига қарши ўтказилган. Ўша учрашувда Фарғоналиклар 3:1 ҳисобида ғалаба эришган.  Кейинчалик Андижонликлар Фарғоналикларни ўз майдонларида қабул қилган ва 3:2 ҳисобида зафар қучишган.

1950 йилда АТД/Ирмаш заводида А. М. Удодов таклифи билан кучли жамоа барпо этилиб, жамоага “Спартак” деб ном берилди. 1964 йили биринчи бор “Спартак” жамоаси РСФСР мусобақасининг бешинчи зонаси “Б” классида энг кучли бўлган “Урал” жамоаси билан қатнашган. Мавсум охирида эса 17 жамоа ўртасида 14-поғонани банд этган.

1965 йили РСФСР 5-зонасида қатнашиб, 20 жамоа орасида 13-ўринни эгаллаган.

1966 йили 9-ўрин билан кифояланаган бўлса, 1967 йили 14-ўрин билан чемпионатни якунлаган.

Кейинги йилларда эса Андижон шаҳри жамоаси турли хил мусобоқаларда иштирок этиб, бир нечта совринларни қўлга киритган.

1971 йилдан бошлаб жамоа Республика мусобақаларида мунтазам равишда иштирок этишни бошлаган.

1972 йили “Андижон” жамоаси ЎзССР чемпионатида 2-ўринни эгаллаб, “А” класс иккинчи лигасида қатнашиш ҳуқуқини қўлга киритган.

1973 йилда “Андижон” жамоаси “А” классда 13-ўрин билан кифояланишган бўлиб, орадан бир ўтгач, яъни 1974 йили 14-поғонага тушиб кетишган.

1986 йилдан бошлаб жамоага “Пахтакор” номи берилиб, ЎзССР чемпионатида қатнашди. Шу йили жамоа 8-ўринни, 1987 йили 17-ўринни ва 1988 йили 13-ўринни банд этган.

1989 йили жамоа номи яна “Спартак” деб ўзгартирилган ҳолда чемпионатни 12-ўрин билан тамомлаган.

1990 йил минтақавий гуруҳда жуда яхши натижаларга эришиб келаётган жамоа 1990 йил 2-май воқеаларидан сўнг уй учрашувларини рақиб майдонларида ўтказишга мажбур бўлди. Натижада жамоа барча учрашувларни бой бериб, охирги ўринни қўлга киритди.

1991 йилдан бошлаб, жамоа “Наврўз” номи билан номлана бошлади. Шу йили иккинчи лига “А” классида қатнашиб, жамоа 13-ўринни қўлга киритган. Шу билан биргаликда, жамоа “Пахтакор-79” хотира турнирида қатнашиб, финалгача етиб келишга муваффақ бўлган. Финалда эса “Трактор” жамоаси устун келган.

Мустаққилликдан сўнг, жамоа 1992-93 йилларда “Наврўз” жамоаси Ўзбекистон чемпионатининг олий лигасида 7-ўринни қўлга киритишга муваффақ бўлди.

1994 йил жамоа 11-ўринни, 1995 ҳамда 1996 йилларда 8-ўринни эгаллаган.

1997 йил жамоанинг номи “Андижон” деб ўзгартирилди ва шу йил 12-ўринни эгаллади.

1998 йили жамоа 10-ўринни қўлга киритди.

1999 йили жамоа ўз тарихи энг юқори – 6-ўрин билан чемпионатни якунлади.   2000 йилда 8-ўринни, 2001 йили 9-ўринни, 2002 йили 10-ўринни, 2003 йили 7-ўринни қўлга киритишган.

2004 йилда эса жамоа турнир жадвалини сўнгги поғонасини банд этиб, биринчи лигага равона бўлган.

2005 йили жамоа янги барпо этилиб, унга “Андижон-УзДЭУ Авто” номи берилди.  Биринчи лигадаги барча учрашувларни муваффақиятли якунлаган “Андижон-УзДЭУ Авто” жамоаси бир йиллик танаффусдан сўнг яна кучлилар сафида қатнашишни бошлади.

2006 йили олий лига ҳавосидан “нафас” олишни бошлаган жамоамиз биринчи даврани муваффақиятли якунлаб, 5-ўринни қўлга киритган. Аммо, иккинчи даврада бирин-кетин мағлубиятлар жамоани 11-ўринга тушириб юборган.

2007 йилда  якунига етган чемпионатни “Андижон-УзДЭУАвто” жамоаси 10-поғона билан якунлади.

2008 йилнинг сентябр ойида жамоанинг номи “Андижон профессионал футбол” МЧЖ айлантирилди ва ўша мавсумда жамоа Ўзбекистон чемпионатида муваффақиятли иштирок этиб, ўз тарихида энг юқори бўлган поғона – 5-ўринни қўлга киритди.